मदरसों को निर्धारित सरकारी पोर्टल पर आनलाइन आवेदन करना होगा एवं आवश्यक दस्तावेज़ एवं शुल्क जमा करना होगा। आवेदन की समीक्षा में संस्थान की अल्पसंख्यक पहचान, भूमि स्वामित्व, वित्तीय स्थिति, स्टाफ योग्यता एवं सामाजिक सौहार्द बनाए रखने की प्रतिबद्धता का परीक्षण किया जाएगा। नियमों के उल्लंघन पर मान्यता निरस्त करने का प्रविधान है।